根据民诉法以及司法解释相关规定，结合司法实践，在民事案件中对司法鉴定意见有四种基本质证方法：
（一）对当事人进行发问
当事人发问权是质证权和辩论权的范畴，当事人发问是质证和辩论的具体方法。当事人发问权可以作为对鉴定意见的一种质证方法，根据民诉法以及司法解释的规定，未经法庭质证的材料（包括补充材料）不得作为鉴定材料。但在审判实践中存在一个很大的问题，即对检材的质证仅仅是一个形式，如当事人对检材存在较大争议，法院一般不作出认定就将质证过的所谓检材移送给审计机构，鉴定机构往往以鉴定的形式代替司法认定。
2020年9月1日起施行的《最高人民法院关于人民法院民事诉讼中委托鉴定审查工作若干问题的规定》第5条明确规定，对当事人有争议的材料，应当由人民法院予以认定，不得直接交由鉴定机构、鉴定人选用。对检材的审查作出明确的规定，规范了鉴定机构的活动。
在司法鉴定意见作出后，如对检材有异议，仅仅通过常规的说明、提出异议以及辩论等质证方法，无法达到否定或者削弱鉴定意见的证明力。实践中只要鉴定程序合法、鉴定机构和鉴定人具有相应资质以及检材已质证，法院一般会采信鉴定意见。针对这种情况，可以通过对对方当事人的发问来揭示鉴定意见所依据的检材是否真实以及检材与待证事实之间有无因果关系，从而达到否定鉴定意见书的证据效力。
（二）对鉴定人发问
民诉法以及司法解释明确规定了，鉴定人有出庭作证的义务，当事人有权对鉴定人进行发问。《民事诉讼法》第八十一条规定：“当事人对鉴定意见有异议或者人民法院认为鉴定人有必要出庭的，鉴定人应当出庭作证。经人民法院通知，鉴定人拒不出庭作证的，鉴定意见不得作为认定事实的根据；支付鉴定费用的当事人可以要求返还鉴定费用。”最高人民法院《关于民事诉讼证据的若干规定》第三十七条规定：“人民法院收到鉴定书后，应当及时将副本送交当事人。当事人对鉴定书的内容有异议的，应当在人民法院指定期间内以书面方式提出。对于当事人的异议，人民法院应当要求鉴定人作出解释、说明或者补充。人民法院认为有必要的，可以要求鉴定人对当事人未提出异议的内容进行解释、说明或者补充。”第三十八条规定：“当事人在收到鉴定人的书面答复后仍有异议的，人民法院应当根据《诉讼费用交纳办法》第十一条的规定，通知有异议的当事人预交鉴定人出庭费用，并通知鉴定人出庭。有异议的当事人不预交鉴定人出庭费用的，视为放弃异议。双方当事人对鉴定意见均有异议的，分摊预交鉴定人出庭费用。”
从上述法律规定来看，当事人对鉴定意见有异议，鉴定人应当出庭的条件：1、当事人对鉴定书的内容有异议，并在人民法院指定期限内以书面方式提出；2、鉴定人针对当事人的异议内容作出的解释、说明或者补充，仍有异议；3、异议人缴纳鉴定人出庭费用，法院通知鉴定人出庭。在此意义上，鉴定人出庭是鉴定人在法庭上就鉴定意见接受当事人双方质证的过程，是保障双方当事人对于不利于己的鉴定意见的质证权的需要。
在司法实践中，有些法官错误认为鉴定人出庭应当由当事人申请，否则不通知鉴定人出庭。为查明案件事实的需要，为了减少当事人与法官的诉讼摩擦，建议还是向法庭提交鉴定人出庭申请书。
（三）申请专家辅助人出庭
2002年4月1日施行的《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第六十一条规定：“当事人可以向人民法院申请由一至二名具有专门知识的人员出庭就案件的专门性问题进行说明。人民法院准许其申请的，有关费用由提出申请的当事人负担。审判人员和当事人可以对出庭的具有专门知识的人员进行询问。经人民法院准许，可以由当事人各自申请的具有专门知识的人员就有案件中的问题进行对质。具有专门知识的人员可以对鉴定人进行询问。”这是第一次明确规定专家辅助人制度，直到2012年新修订的《民事诉讼法》才正式以法律的形式固定了这一制度，无疑这是诉讼制度的巨大进步。鉴定意见涉及专门性问题，如申请专家辅助人出庭支持、帮助当事人质证，将会取得更好的庭审效果。
（四）提供反证
启动司法鉴定程序后，法院会组织双方当事人进行法庭调查对检材进行质证，也就是说在鉴定结论作出前，能够提供的证据基本上都已穷尽，用反证这种质证方法，还是比较少的。
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